A REFER foi criada em 1997, pelo Decreto‑Lei n.º 104/97, de 29 de abril, como empresa pública responsável pela prestação do serviço público de gestão da infraestrutura integrante da rede ferroviária nacional.

Em 22 de julho de 2008, o Decreto-Lei nº 141/2008 altera a denominação da REFER para Rede Ferroviária Nacional - REFER, EPE e introduz alterações aos seus estatutos, procedendo à sua republicação.

A REFER está sujeita à tutela dos ministros responsáveis pela área das finanças e pelo setor dos transportes.