Pontes
Na Rede Ferroviária Nacional existem 2379 pontes, das quais 850 são em alvenaria, 631 são metálicas e 898 são em betão armado e/ou pré-esforçado e mistas (betão armado e aço em perfil), integrando algum do património ferroviário mais relevante do País.
Os exemplos mais notáveis de pontes em alvenaria são o Viaduto de Durrães na Linha do Minho (1890), com 16 arcos numa extensão de 255 metros, a Ponte do Poço de Santiago no Ramal de Viseu (1913), que ostenta o maior arco de alvenaria com uma abertura de 55 metros, e a Ponte do Tâmega na Linha do Douro, com 264 metros de comprimento, a de maior dimensão (1931).
Nas pontes metálicas, a mais antiga é a Ponte do Lima na Linha do Minho, da Casa Eiffel (1878), recentemente reabilitada, e a mais alta é a Ponte de São Pedro, na Linha da Beira Baixa, com 64 metros (1889).
A nova Variante de Alcácer do Sal na Linha do Sul inclui a ponte ferroviária de construção mais recente (2010), com 2735 metros de comprimento, constituindo o maior atravessamento exclusivamente ferroviário em Portugal.
Às pontes exige-se que sejam seguras, duráveis e não acusem a fadiga da idade para garantir que o tráfego ferroviário se processe sem restrições e nas condições de segurança e conforto previstas.
A REFER realiza ações periódicas de inspeção das pontes ao serviço ferroviário, recorrendo à deteção de anomalias por reconhecimento visual detalhado das estruturas, ensaios não destrutivos, levantamentos topográficos e hidrográficos, nivelamentos e inspeções subaquáticas, o que permite que a manutenção e, sempre que justificado, as intervenções mais profundas de reabilitação, beneficiem de um planeamento que minimize as interferências com a circulação.
Com os trabalhos de manutenção reduz-se a probabilidade de existência de avarias e mantém-se a vida útil das pontes num estado estacionário, através de ações de limpeza geral das estruturas, nivelamento e lubrificação de aparelhos de apoio, desobstrução dos sistemas de drenagem, proteção anticorrosiva das pontes metálicas, proteção das fundações de pilares e encontros, impermeabilização de tabuleiros, incluindo reforço ou substituição de componentes da ponte para reposição das condições iniciais de serviço.
Além das já referidas, existem ainda 258 pontes ferroviárias desativadas, que continuam a merecer a atenção e os cuidados necessários, incluindo-se nestas o maior arco metálico construído pela Casa Eiffel, em 1877, a emblemática Ponte Maria Pia, no Porto, que foi recentemente objeto de reabilitação.
Túneis
Existem 121 túneis na Rede Ferroviária Nacional, estando 87 deles em linhas atualmente em regime de exploração, os quais perfazem cerca de 30 km de extensão, sendo o maior o Túnel do Rossio, com 2613 metros, recentemente objeto de intervenção profunda de reabilitação.
Dado que 70% desses túneis tem mais de 100 anos, a REFER tem investido significativamente em trabalhos de manutenção e de reabilitação dessas obras centenárias, através de operações sempre delicadas que, partindo de uma observação muito atenta, coabitam no terreno, com uma tecnologia de engenharia de ponta.
Com efeito, a especialidade de túneis envolve uma atividade de manutenção atempada, com a adoção dos cuidados necessários face ao conjunto vasto de anomalias e avarias que poderão ocorrer durante a vida útil das estruturas, e também as medidas complementares de otimização do encaminhamento das águas para fora do túnel, de proteção dos emboquilhamentos, de segurança, etc.
Os dois túneis de construção mais recente situam-se em Espinho, na Linha do Norte (2009) e na Trofa , na Linha do Minho (2010).
Outros - Projeto Especial de Alcântara
O Projeto de desnivelamento ferroviário de Alcântara, em estudo na REFER, consiste na preparação da ligação desnivelada da Linha de Cintura à Linha de Cascais e ao Porto de Lisboa (Terminal de Contentores de Alcântara).
A localização do projeto abrange as freguesias de Santo Condestável, Prazeres, Santa Maria de Belém e Alcântara, no concelho de Lisboa.
A área em estudo atravessa importantes vias de circulação rodoviária da cidade de Lisboa, integrando o acesso diário, ferroviário e rodoviário da grande maioria dos residentes nas áreas ocidentais limítrofes à cidade.
O desenvolvimento desta nova ligação ferroviária aponta para o estabelecimento de uma melhor acessibilidade à cidade de Lisboa através de transportes públicos, bem como uma melhoria significativa da fluidez do tráfego rodoviário na zona, eliminando os cruzamentos de nível existentes entre a ferrovia e a rodovia e entre as linhas ferroviárias de passageiros e de mercadorias.
Foram desenvolvidos diversos trabalhos, nomeadamente, o estudo de diferentes soluções para a ligação da Linha de Cintura à Linha de Cascais e ao Porto de Lisboa, que obrigaram à definição de variantes de traçado que permitissem minorar os impactes socioeconómicos e ambientais, bem como os custos da futura empreitada.
Nestes trabalhos incluiu-se, também, o estudo de uma nova estação subterrânea de Alcântara - Terra.

Vista tridimensional de um dos acessos exteriores da nova estação subterrânea de Alcântara - Terra.
Para garantir a correta implantação dos traçados e criar sustentáculo técnico para o projeto de execução, foram ainda desenvolvidos os seguintes trabalhos:
- Contratação de estudos específicos ao Laboratório Nacional de Engenharia Civil / LNEC sobre o Caneiro de Alcântara, a hidráulica subterrânea do Vale de Alcântara, o efeito de maré e um acompanhamento técnico permanente ao desenvolvimento dos diversos projetos em curso;
- Levantamento Topográfico por Laserscan do Caneiro de Alcântara, recorrendo à tecnologia de varrimento Laser do interior do Caneiro de Alcântara, apurando-se a sua exata localização e obtendo-se também informações sobre a sua condição estrutural;

Caneiro de Alcântara (a verde) sob jardim junto da Passagem Superior, (metálica), à Linha de Cascais.
- Levantamento topográfico da zona de inserção, no Vale de Alcântara, do Projeto de desnivelamento ferroviário;
- Prospeção geológica/geotécnica da zona de inserção, no Vale de Alcântara, do Projeto de desnivelamento ferroviário;
- Ensaios de Bombagem para determinação das características hidrogeológicas dos terrenos a atravessar.
Dada a elevada relevância das questões ambientais e a inserção do Projeto em ambiente urbano, foi ainda desenvolvido o Estudo de Impacte Ambiental (EIA), que permitiu avaliar os impactos gerados pelas diferentes soluções estudadas.
O Projeto teve declaração de Impacte Ambiental (DIA) em março de 2010.
Financiamento da União Europeia
Os "Estudos relativos ao Desnivelamento Ferroviário de Alcântara (PP8)" são comparticipados em 50% pela RTE-T (Rede Transeuropeia de Transportes).
