Os CCO são centros multidisciplinares de abrangência regional, com a principal missão de coordenar e supervisionar todas as funções e atividades ligadas aos processos operacionais da exploração ferroviária e da gestão de tráfego na sua área de abrangência.
São centros tecnicamente evoluídos, dotados de modernos sistemas de apoio à exploração, que permitem um conhecimento exato do estado da circulação em cada momento e que proporcionam a informação em tempo real aos Operadores Ferroviários e aos Passageiros.
Estes centros, que substituem os anteriores Postos de Comando Local (PCL) representam a mais recente filosofia de Comando e Controlo implementada pela REFER, no sentido da otimização da exploração da rede, da maximização da sua capacidade disponível, e da melhoria da qualidade do serviço prestado, com padrões elevados de fiabilidade, eficiência, qualidade e segurança.
Estão localizados em Lisboa e no Porto (Contumil), estando prevista a criação de um terceiro, em Setúbal.