A missão da REFER inclui a elaboração e a atualização dos regulamentos e instruções técnicas que regem a exploração ferroviária, submetida a homologação pelo Instituto da Mobilidade dos Transportes Terrestres - IMTT.
A REFER edita e promove a distribuição da regulamentação para os Operadores Ferroviários e outras entidades relacionadas com a atividade ferroviária.