Nas estações e outros pontos particulares da infra-estrutura ferroviária têm vindo a ser alargados e modernizados os sistemas de vigilância humana e de vídeovigilância, que garantem o normal funcionamento das instalações e a adequada protecção do património ferroviário e dos utentes desses espaços.

A REFER desenvolve também planos de emergência internos, que garantem a adequada eficácia na gestão de qualquer ocorrência que possa gerar uma situação crítica para os seus ocupantes (internos e externos), em articulação com as forças de socorro externo.

Um outro domínio que, em articulação com outras entidades, vem merecendo atenção é a defesa da floresta contra incêndios que possam atingir as linhas férreas, acção materializada em campanhas de divulgação junto dos agentes ferroviários, dos clientes dos operadores ferroviários e dos confinantes com o caminho-de-ferro, tendo em vista o controlo dos comportamentos de risco e a minimização de potenciais fontes de ignição e de materiais inflamáveis no domínio ferroviário.