A REFER assume, na sua Política do Ambiente, a compensação dos principais impactes ambientais, tendo sido a primeira empresa pública a juntar-se ao compromisso Business&Biodiversity (B&B), iniciativa promovida pelo Instituto de Conservação da Natureza e Biodiversidade, através de protocolo assinado em outubro de 2007.

O desenvolvimento deste tipo de ações conta com a assessoria do Centro para a Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos.
O compromisso B&B da REFER compreende os seguintes projetos, desde novembro de 2008:
- Projeto do Continuum Ecológico – Assenta num projeto de investigação no âmbito do qual a REFER comparticipará a constituição de uma cátedra convidada;
- Recuperação de uma Salina no Estuário do Sado – Compreende a recuperação ecológica de uma Salina de modo a contribuir para sustentar as espécies de avifauna que povoam o vale do Sado;
- Promoção da Floresta Autóctone – Este projeto tem por objetivo promover a plantação de árvores da floresta autóctone portuguesa através da associação da REFER ao Programa ‘Criar bosques 2008’ da Quercus, tendo-se formalizado o Protocolo de colaboração no final do ano de 2008.
São também apoiadas outras entidades externas com uma ação material, direta e concreta, na Biodiversidade.
- Associação da REFER à construção da Estação Biológica do Garducho, promovida pela Organização Não Governamental do Ambiente (ONGA) CEAI - Centro de Estudos da Avifauna Ibérica através de cedência de travessas de madeira utilizadas nas áreas exteriores do edifício.
Além disso, a REFER mantém a sua prática consolidada de instalação de ninhos de cegonha na estrutura de catenária, de modo a acomodar aquela espécie nos locais apropriados para a nidificação.